Stosowanie proporcji dotyczy tylko tzw. kosztów ogólnych, związanych jednocześnie ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną. Jej stosowanie może więc nie być konieczne. Gdyby jednak konieczne było stosowanie proporcji, to może zostać wyliczona szacunkowo, przy czym należy o tym zawiadomić organ podatkowy.
Jak wynika z art. 90 ust. 2 VATU jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, w związku z którymi przysługuje pełne prawo do odliczenia oraz nie przysługuje takie prawo, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia.
Zacytowany przepis wskazuje więc na to, że stosowanie proporcji dotyczy tylko tzw. kosztów ogólnych, związanych jednocześnie ze sprzedażą opodatkowaną i zwolnioną. Istnieje więc pewna możliwość, że brak będzie takich kosztów i tym samym konieczności stosowania proporcji.
Należy również pamiętać, że tylko niektóre koszty będą objęte proporcją, np. nabycie komputera czy telefonu, koszty wynajmu biura wykorzystywanego w obydwu rodzajach działalności. Jednakże identyfikacja takich kosztów wymaga dalszej weryfikacji.
Równocześnie koszty związane wyłącznie z pośrednictwem, np. materiały reklamowe dają pełne prawo do odliczenia.
Proporcję wylicza się w sposób wskazany w art. 90 ust. 3 VATU, czyli jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.
Powstaje pytanie jak więc wyliczyć pierwszą proporcję. Należy wówczas zastosować procedurę wskazaną w art. 90 ust. 8 VATU. Regulacja ta wskazuje, że podatnicy, którzy w poprzednim roku podatkowym nie osiągnęli obrotu opodatkowanego i zwolnionego, lub u których obrót ten w poprzednim roku podatkowym był niższy niż 30 000 zł, do obliczenia kwoty podatku naliczonego podlegającej odliczeniu od kwoty podatku należnego przyjmują proporcję wyliczoną szacunkowo. Podatnicy są obowiązani zawiadomić naczelnika urzędu skarbowego o przyjętej proporcji w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym ta proporcja została zastosowana po raz pierwszy, nie później jednak niż w dniu przesłania ewidencji (chodzi o JPK_V7). Z kolei art. 90 ust. 9 VATU rozszerza możliwość szacunkowego wyliczenia proporcji, gdyby okazała się niereprezentatywna.
Przepisy nie przewidują wzoru formularza, ani wzoru pisma. Warto przedstawić jakie wartości stanowiły podstawę szacunkowego wyliczenia.
Brak jest również przepisu, który wprost wskazywałby sankcje za brak zawiadomienia.
