Fundacja rodzinna pozornie jest zwolniona podmiotowo z podatku dochodowego, w praktyce jest opodatkowana w sposób podobny do estońskiego CIT.
Opodatkowanie fundacji rodzinnej przypomina nieco estoński CIT, tyle, że art. 6 ust. 1 pkt 25 PDOPrU zwalnia podmiotowo z podatku dochodowego fundację rodzinną – choć w istocie pozostaje ona opodatkowana ryczałtowo od przychodu, ale przychód ten niekiedy jest obliczany jak dochód. Trudno stwierdzić, dlaczego ustawodawca zdecydował się na takie naruszenie siatki pojęciowej i zarazem ogólnych zasad opodatkowania podatkiem dochodowym funkcjonujących na gruncie PDOPrU, wydaje się jednak, że paradoksalnie nie będzie to prowadziło do trudności w opodatkowaniu fundacji.
Wskazane zwolnienie podmiotowe obejmuje w szczególności wnoszony przez fundatora majątek, nie jest to jednak zwolnienie całkowite. Nie ma ono zastosowania do przychodów z użytkowania (na zasadzie najmu dzierżawy itp. umów) przedsiębiorstwa czy innych składników majątku beneficjenta, fundatora lub podmiotu powiązanego w co najmniej 5% (art. 6 ust. 8 PDOPrU). Nie można więc przesunąć do fundacji prowadzonego przedsiębiorstwa, by uniknąć opodatkowania, a móc pobierać pożytki.
Organizatorzy fundacji, szczególnie fundator, powinni pamiętać, że utraci ona prawo do zwolnienia (wstecznie), jeśli nie zostanie zarejestrowana – wówczas powinna złożyć zeznanie i zapłacić podatek z odsetkami za zwłokę (art. 6 ust. 9-10 PDOPrU).
W toku działalności, mimo zwolnienia, fundacja opodatkowana jest ryczałtem od przychodu, znów nieco podobnie jak w estońskim CIT, bowiem tylko od:
- świadczenia, o którym mowa w art. 2 ust. 2 FundRodzU – według stawki 15%. Obejmuje to przeniesione na beneficjenta albo oddane beneficjentowi do korzystania przez fundację, zgodnie ze statutem i listą beneficjentów, składniki majątkowe, w tym środki pieniężne, rzeczy lub prawa.
- mienia w związku z rozwiązaniem fundacji rodzinnej – według stawki 15%
- świadczenia w postaci ukrytych zysków – według stawki 15% (art. 24q ust. 1a PDOPrU). Katalog tych zysków jest podobny do katalogu ukrytych zysków na gruncie estońskiego CIT.
- z działalności gospodarczej niedozwolonej dla fundacji rodzinnej – według w istocie sankcyjnej stawki 25% (art. 24r ust. 1 PDOPrU i art. 5 FundRodzU)
- od przychodów z budynków – według stawki 0,035% (art. 24b ust. 1 i 19 PDOPrU).
W istocie więc, póki fundacja rodzinna porusza się w granicach przeznaczonego jej zakresu działalności i nie wypłaca zysków, to tak jak w estońskim CIT jest zwolniona z opodatkowania.
Niezależnie od tego fundacja rodzinna jest zobowiązana składać roczne deklaracje, według ustalonego wzoru, o wysokości dochodu (przychodu) osiągniętego w roku podatkowym – w terminie do końca trzeciego miesiąca roku następnego (art. 24s PDOPrU).
Po zakończeniu działalności fundacji pozostały, niewypłacony beneficjentom majątek zwrócony będzie fundatorowi (art. 103 FundRodzU). W takim przypadku będzie on opodatkowany 15% ryczałtem od przychodu – choć w istocie tu przychodem jest dochód, jako nadwyżka przychodu nad wartość podatkową mienia – wirtualny kosztem, który powstałby u fundatora przy zbyciu tego mienia zamiast wniesienia do fundacji – art. 24q ust. 4 PDOPrU. Zwykle tego rodzaju dochody opodatkowane są podatkiem dochodowym od osób fizycznych jako podatek z udziału w zyskach osób prawnych (od tzw. dywidendy likwidacyjnej), gdzie osoba prawna nie jest podatnikiem, a płatnikiem PIT. Tu ustawodawca zdecydował się jednak na ustalenie fikcyjnego dochodu fundacji, ustalanego w oparciu o fikcyjne koszty fundatora.
Opodatkowaniu fundacji rodzinnej bliżej więc do estońskiego CIT, niż zwolnienia statutowego, z którego korzystają zwykłe fundacje.