Zgodnie z aktualnie obowiązującymi uregulowaniami podatnik ma obowiązek uzgodnić z naczelnikiem urzędu skarbowego, w formie protokołu, prognozę w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego na gruncie art. 86 ust. 2e VATU (tzw. prewspółczynnik) oraz art. 90 ust. 8 VATU (proporcja odliczenia).
W przypadku prewspółczynnika wymóg obowiązanych do jego stosowania podatników dotyczy tych podatników, którzy rozpoczynają w danym roku wykonywanie działalności podlegającej VAT oraz pozostającej poza VAT (art. 86 ust. 2e VATU) lub takich, którzy uznają że stosowany przez nich prewspółczynnik za poprzedni rok okazałby się niereprezentatywny (art. 86 ust. 2f VATU).
W przypadku proporcji odliczenia, o której mowa w art. 90 ust. 8 VATU do przyjęcia proporcji wyliczonej szacunkowo, według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego, w formie protokołu, są obowiązani podatnicy, którzy w poprzednim roku podatkowym nie osiągnęli obrotu, o którym mowa w art. 90 ust. 3 VATU (a więc obrotu zarówno z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi prawo takie nie przysługuje), lub u których obrót ten w poprzednim roku podatkowym był niższy niż 30.000 zł.
Proponowana przez SLIM VAT 3 zmiana polega na likwidacji wymogu uzgadniania prognozy prewspółczynnika lub prognozy proporcji i sporządzania protokołu przez naczelnika urzędu skarbowego.
Zamiast tego zostanie wprowadzone zawiadomienie naczelnika urzędu skarbowego o przyjętych przez podatnika: prewspółczynniku lub proporcji.
W myśl nowego brzmienia art. 86 ust. 2e VATU podatnik rozpoczynający w danym roku podatkowym wykonywanie działalności gospodarczej i działalności innej niż działalność gospodarcza (nie objętej VAT), w celu obliczenia prewspółczynnika, przyjmuje dane wyliczone szacunkowo. Jednocześnie podatnik będzie obowiązany zawiadomić naczelnika urzędu skarbowego o przyjętych danych wyliczonych szacunkowo, w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym przyjęty prewspółczynnik został zastosowany po raz pierwszy, nie później jednak niż w dniu przesłania pliku JPK.
Taki sam sposób postępowania dotyczyć będzie podatników, którzy w poprzednim roku podatkowym nie osiągnęli obrotu w ramach tzw. sprzedaży mieszanej (art. 90 ust. 8) lub u których obrót ten, w poprzednim roku, był niższy niż 30.000 zł. Podatnicy ci również będą obowiązani powiadomić naczelnika urzędu skarbowego o wysokości przyjętej proporcji w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym ta proporcja została zastosowana po raz pierwszy, nie później jednak niż w dniu przesłania pliku JPK.
Likwidacja wymogu uzgadniania prognozy proporcji i sporządzania protokołu przez naczelnika urzędu skarbowego dotyczy również grup VAT. W myśl art. 7 pkt 1 ustawy wprowadzającej pakiet SLIM VAT 3 stosowana przez grupę i jej członków proporcja wyliczana będzie szacunkowo, bez konieczności jej uzgadniania z naczelnikiem urzędu skarbowego.
Przypomnijmy, że planowane na 1 lipca 2022 r. wejście w życie przepisów dotyczących grupy VAT zostało przesunięte na 1 stycznia 2023 r. Zgodnie z brzmieniem nowego art. 96 ust. 9k VATU w momencie wykreślenia z rejestru grupy VAT naczelnik urzędu skarbowego przywraca zarejestrowanie członka tej grupy jako podatnika VAT ze statusem takim, jaki podatnik ten posiadał przed dniem wykreślenia. W efekcie może się zdarzyć, że podatnik ten uzna, iż w odniesieniu do niego kwota obrotu dla ustalenia proporcji będzie niereprezentatywna. W takiej sytuacji, zgodnie z art. 7 pkt 2 ustawy wprowadzającej pakiet SLIM VAT 3 podatnik przyjmie wartość proporcji szacunkowo, bez konieczności uzgadniania tego z naczelnikiem urzędu skarbowego. Będzie miał jednak obowiązek zawiadomić naczelnika urzędu skarbowego o przyjętej proporcji, w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym ta proporcja została zastosowana po raz pierwszy, nie później jednak niż w dniu przesłania pliku JPK.
Zawiadomienia, o których tu mowa, będą mogły być doręczone naczelnikowi również za pomocą środków komunikacji elektronicznej.