W przedstawionej sytuacji podatnik powinien jedynie wystawić fakturę korygującą wskazującą dane wskazane na pierwotnej fakturze nieprawidłowo oraz dane prawidłowe (nie powinien wystawiać faktury korygującej „zerującej” i nowej prawidłowej faktury). W oparciu o tak wystawioną fakturę podatnik powinien skorygować ewidencję VAT oraz plik JPK_VAT wstecznie, tj. w miesiącu powstania obowiązku podatkowego z tytułu dostawy samochodu, którą dokumentuje korygowana faktura.
Z art. 106j ust. 1 pkt 5 VATU wynika, że stwierdzenie pomyłki w jakiekolwiek pozycji faktury skutkuje obowiązkiem wystawienia faktury korygującej. W świetle tego przepisu w przedstawionej sytuacji podatnik obowiązany jest wystawić fakturę korygującą wystawioną fakturę VAT marża.
Wskazać jednocześnie pragnę, że w przedstawionej sytuacji nie ma podstaw do skorygowania wystawionej faktury poprzez wystawienie faktury korygującej „zerującej” i wystawienia nowej faktury o prawidłowej treści (rzadko taki sposób korygowania błędnie wystawionych faktur jest dopuszczalny), a zatem w przedstawionej sytuacji podatnik powinien jedynie wystawić fakturę korygującą wskazującą dane nieprawidłowe widniejące na pierwotnej fakturze oraz dane prawidłowe (nie powinien wystawiać faktury korygującej „zerującej” i nowej prawidłowej faktury; jeżeli tak postąpi, wystawi drugą fakturę dokumentującą tą samą czynność podlegającą opodatkowaniu).
W oparciu o tak wystawioną fakturę podatnik powinien skorygować ewidencję VAT oraz plik JPK_VAT wstecznie, tj. w miesiącu powstania obowiązku podatkowego z tytułu dostawy samochodu, którą dokumentuje korygowana faktura. Korekta ta powinna polegać na usunięciu z ewidencji VAT oraz pliku JPK_VAT danych wskazanych w nieprawidłowych (wynikających z bezpodstawnego zastosowania procedury marży) wartościach i podania wartości prawidłowych.
