W przypadku pojazdów nabywanych z innych krajów UE obowiązują dwa systemy opodatkowania: WNT albo procedura marży.
Opodatkowanie w ramach WNT obowiązuje zasadniczo w transakcjach między podatnikami z różnych państw UE. Ponadto, w przypadku podatników dokonujących wewnątrzwspólnotowego nabycia środków transportu przewidziane zostały specjalne procedury rozliczenia tego typu transakcji. Zgodnie z art. 99 ust. 10 VATU podatnicy (oraz inne podmioty) nabywając wewnątrzwspólnotowo nowe środki transportu składają deklarację podatkową VAT-23 w zakresie nabywanych nowych środków transportu składa się w terminie 14 dni od dnia powstania obowiązku podatkowego z tego tytułu. W tym samym terminie, w myśl art. 103 ust. 3 VATU podatnicy są obowiązani, bez wezwania naczelnika urzędu skarbowego, do obliczania i wpłacania podatku w terminie 14 dni od dnia powstania obowiązku podatkowego na rachunek urzędu skarbowego.
Natomiast według art. 103 ust. 4 VATU specjalna procedura rozliczenia podatku stosowana jest również w razie wewnątrzwspólnotowego nabycia środków transportu (innych niż „nowe”) jeżeli środek transportu ma być przez nabywcę zarejestrowany na terytorium kraju lub jeżeli nie podlega rejestracji, a jest użytkowany na terytorium kraju.
W obydwu opisywanych sytuacjach podatnicy, na podstawie art. 103 ust. 5 VATU, mają obowiązek przedłożyć naczelnikowi urzędu skarbowego zgodnie z ustalonym wzorem informację o nabywanych środkach transportu (VAT-23). Do informacji dołącza się kopię faktury potwierdzającej nabycie środka transportu przez podatnika.
Należy zwrócić uwagę, że choć dostawa pojazdów samochodowych może mieć charakter transgraniczny, to jeśli sprzedawcą jest osoba nie będąca podatnikiem lub podatnik korzystający z procedury marży, to nie wystąpi WNT. Zgodnie z art. 10 ust. 1 pkt 4 VATU dostawa towarów podlegających opodatkowaniu w systemie marży (towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich lub antyków), w wyniku której ma miejsce wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów na terytorium kraju, jest opodatkowana podatkiem od wartości dodanej na terytorium państwa członkowskiego rozpoczęcia wysyłki lub transportu towarów na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w art. 120 ust. 4 i 5 VATU (w procedurze marży), a nabywca posiada dokumenty jednoznacznie potwierdzające nabycie towarów na tych zasadach.
Natomiast art. 120 ust. 4 VATU w przypadku podatnika dokonującego dostawy towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich lub antyków nabytych uprzednio przez tego podatnika w ramach prowadzonej działalności, w celu odprzedaży, podstawą opodatkowania podatkiem jest marża stanowiąca różnicę między kwotą sprzedaży a kwotą nabycia, pomniejszona o kwotę podatku. Zacytowany przepis wskazuje jedynie na cel nabycia „w celu odprzedaży” i nie zastrzega, że rejestracja wyłącza zastosowanie marży do sprzedaży auta zarejestrowanego przez polskiego nabywcę (po sprowadzeniu do kraju).
Ponadto, art. 103 ust. 4 VATU odwołuje się jedynie do sytuacji, w których miało miejsce WNT. Oznacza to, że rozliczenie WNT samochodu przez złożenie VAT-23 nie powinno mieć miejsca w przypadku gdy nabycie jest opodatkowane na zasadzie marży.
