Po śmierci przedsiębiorcy spadkobierca nie ma obowiązku sporządzenia spisu z natury na potrzeby VAT i zapłaty podatku od towarów pozostałych na magazynie na dzień śmierci przedsiębiorcy. To organ podatkowy powinien wydać decyzję, w której określi kwotę VAT do zapłaty za ostatni okres rozliczeniowy.
Ustawa o podatku od towarów i usług przewiduje sytuacje, kiedy NUS wykreśla podatnika z rejestru VAT z urzędu. Jedną z takich sytuacji jest śmierć podatnika. Jednocześnie z przepisów Ustawy o podatku od towarów i usług nie wynika, by spadkobierca miał obowiązek sporządzenia spisu z natury czy też opodatkowania towarów objętych tym spisem i zapłaty podatku od nich do właściwego US.
Przepisy Ordynacji podatkowej wskazują, że w przypadku śmierci przedsiębiorcy organ podatkowy orzeka w decyzji o zakresie odpowiedzialności lub uprawnień poszczególnych spadkobierców na podstawie decyzji ostatecznych wydanych wobec spadkodawcy oraz jego zobowiązań wynikających z prawidłowych deklaracji. Spadkobierca ma obowiązek zapłacić podatek wynikający z decyzji o zakresie jego odpowiedzialności, w terminie 14 dni od doręczenia tej decyzji.
Z powyższego wynika zatem, że w sytuacji śmierci przedsiębiorcy i braku powołania zarządcy sukcesyjnego (powstania przedsiębiorstwa w spadku), organ podatkowy powinien przeprowadzić postępowanie w sprawie odpowiedzialności spadkobierców za zobowiązania podatkowe zmarłego, zakończone decyzją. Podatek od towarów i usług do zapłaty powinien wynikać z doręczonej spadkobiercy decyzji. W związku z tym nie ma on obowiązku samodzielnego składania deklaracji, czy rozliczania podatku od towarów pozostałych na magazynie po śmierci przedsiębiorcy.