Pakiet SLIM VAT 3 wprowadza ważną zmianę w zakresie neutralności VAT od dokonywanego przez podatnika wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Zmiana ta wiąże się z uchyleniem art. 86 ust. 10b pkt 2 lit. a oraz ust. 10g-10h VATU.
Oznacza to rezygnację z wymogu posiadania faktury dotyczącej WNT przy odliczaniu podatku naliczonego z tego tytułu.
W aktualnie obowiązującym stanie prawnym prawo do odliczenia VAT z tytułu WNT powstaje pod warunkiem, że podatnik otrzyma fakturę dokumentującą tę transakcję w terminie trzech miesięcy od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów powstał obowiązek podatkowy (art. 86 ust. 10b pkt 2 lit a VATU). Jeżeli termin ten nie zostanie dotrzymany, wówczas podatnik obowiązany jest do pomniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym upłynął ten termin, czyli w bieżącej deklaracji podatkowej (art. 86 ust. 10g VATU). Późniejsze otrzymanie faktury (np. po upływie 6 miesięcy) powoduje, że podatnik ponownie nabywa prawo do wykazania podatku naliczonego z tytułu WNT w rozliczeniu za okres rozliczeniowy, w którym uwzględniona została kwota podatku należnego z tego tytułu (art. 86 ust. 10h VATU).
Po wejściu w życie SLIM VAT 3 faktura nie będzie formalnym warunkiem odliczenia podatku. Oznacza to, że podatek naliczony i należny z tytułu WNT będą zawsze rozliczane dokładnie w tym samy okresie rozliczeniowym, a w konsekwencji VAT od WNT będzie w pełni neutralny dla podatnika. Takiego uproszczenia przepisów od dawna oczekiwali podatnicy.