Do kontroli prawidłowości wnoszenia opłaty za przejazd autostradą oraz poboru kaucji w wysokości odpowiadającej opłacie dodatkowej uprawnieni są funkcjonariusze Służby Celno-Skarbowej, funkcjonariusze Policji oraz inspektorzy Inspekcji Transportu Drogowego.
W trakcie kontroli może być pobrana kaucja w przypadku stwierdzenia, że wnoszący opłatę nie uiścił jej za poprzednie przejazdy autostradą lub jej odcinkiem oraz ma miejsce zamieszkania lub siedzibę w państwie, z którym Polska nie jest związana umową lub porozumieniem o współpracy we wzajemnym dochodzeniu tej opłaty bądź możliwość jej egzekucji nie wynika wprost z przepisów międzynarodowych oraz przepisów tego państwa. Kaucję pobiera się w formie gotówkowej, za pokwitowaniem na druku ścisłego zarachowania, w formie bezgotówkowej, za pomocą karty płatniczej lub przelewem.
Kaucja jest przechowywana na nieoprocentowanym rachunku bankowym. Z uwagi na potrzebę zachowania jednolitości dokumentów stosowanych przy poborze kaucji przez funkcjonariuszy i inspektorów dokonujących kontroli, w załączniku do rozporządzenia w sprawie wzoru pokwitowania pobranej kaucji w związku z przejazdem autostradą określono wzór pokwitowania pobrania kaucji w formie gotówkowej.
W rozporządzeniu w sprawie wyznaczenia urzędu skarbowego, na którego rachunek bankowy dokonuje się wpłaty kaucji w przypadku niewniesienia opłaty za przejazd autostradą przez osoby mające miejsce zamieszkania lub siedzibę poza granicami kraju – wyznaczono właściwy organ skarbowy do poboru kaucji. Urzędem skarbowym, na którego rachunek bankowy dokonuje się wpłaty kaucji, w przypadku braku opłaty za przejazd autostradą, jest Pierwszy Urząd Skarbowy w Bydgoszczy.