Księgi pomocnicze mogą być prowadzone w odrębnych modułach i dane z nich odpowiednio importowane do systemu księgi głównej. W przypadku wynagrodzeń takie rozwiązanie jest podyktowane m.in. zasadą poufności wynagrodzeń.
Zgodnie z art. 17 ust. 1 ustawy o rachunkowości: „Konta ksiąg pomocniczych prowadzi się w szczególności dla:
1) środków trwałych, w tym także środków trwałych w budowie, wartości niematerialnych i prawnych oraz dokonywanych od nich odpisów amortyzacyjnych lub umorzeniowych;
2) rozrachunków z kontrahentami;
3) rozrachunków z pracownikami, a w szczególności jako imienną ewidencję wynagrodzeń pracowników zapewniającą uzyskanie informacji, z całego okresu zatrudnienia;
4) operacji sprzedaży (kolejno numerowane własne faktury i inne dowody, ze szczegółowością niezbędną do celów podatkowych);
5) operacji zakupu (obce faktury i inne dowody, ze szczegółowością niezbędną do wyceny składników aktywów i do celów podatkowych);
6) kosztów i istotnych dla jednostki składników aktywów;
7) operacji gotówkowych w przypadku prowadzenia kasy”.
Zgodnie z art. 16 ust. 1 ustawy o rachunkowości: „Konta ksiąg pomocniczych zawierają zapisy będące uszczegółowieniem i uzupełnieniem zapisów kont księgi głównej. Prowadzi się je w ujęciu systematycznym jako wyodrębniony system ksiąg, kartotek (zbiorów kont), komputerowych zbiorów danych, uzgodniony z saldami i zapisami na kontach księgi głównej”.
Nie ma przeszkód, aby funkcję ksiąg pomocniczych pełnił odrębny moduł lub program księgowy. Wówczas należy zapewnić odpowiednie przekazywanie danych do systemu FK. Dane te mogą być przekazywane w sposób zintegrowany. W tym wypadku w polityce rachunkowości należy wskazać, iż dane z programu kadrowego będą przekazywane albo na konto syntetyczne albo odpowiednio konto analityczne dotyczące rozrachunków z tytułu wynagrodzeń. Nie jest wymagane, aby tego typu dane były ujmowane w JPK w podziale na osoby. Zatem – w celu uniknięcia wątpliwości – należy opisać, iż dane dotyczące płac są prowadzone w odrębnym module, natomiast w księgach rachunkowych są ujmowane jedynie w formie zagregowanej.
