Faktury wystawione w tym trybie przez kontrahentów zagranicznych są wystawiane w imieniu polskiego dostawcy, więc nie powinny być ponownie wystawiane. Polski podatnik powinien je ująć w swoich rejestrach VAT i rozliczyć jako sprzedaż.
Zgodnie z art. 106d ust. 1 VATU podmiot nabywający towary lub usługi od podatnika może wystawiać w imieniu i na rzecz tego podatnika faktury m.in. dokumentujące dokonanie przez podatnika sprzedaży na rzecz tego podmiotu. Dla stosowania samofakturowania wprowadzono następujące warunki:
1) ten konkretny podmiot i ten podatnik wcześniej zawarli umowę w sprawie wystawiania faktur w imieniu i na rzecz tego podatnika,
2) w umowie została określona procedura zatwierdzania poszczególnych faktur przez podatnika dokonującego tych czynności.
Skoro w przypadku samofakturowania faktury są wystawiane w imieniu i na rzecz podatnika, to dokumentują jego sprzedaż (o ile zostały zatwierdzone zgodnie z ustaloną między stronami transakcji procedurą akceptacji).
Warto zwrócić uwagę, że sprzedawca nie powinien wystawiać ponownie faktur z procesu samofakturowania. Mogłoby to skutkować zastosowaniem przez organy podatkowe art. 108 ust. 1 VATU, z czym wiązałby się obowiązek zapłaty wykazanego na fakturach VAT w trybie właściwym dla „pustych faktur”.
