Zgodnie z art. 4a pkt 26 ustawy o CIT działalność badawczo-rozwojowa (dalej: działalność B+R) oznacza działalność twórczą obejmującą badania naukowe lub prace rozwojowe, podejmowaną w sposób systematyczny w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz wykorzystania zasobów wiedzy do tworzenia nowych zastosowań. W projektach informatycznych związanych z KSeF zasadnicze znaczenie ma pojęcie prac rozwojowych.

Przepisy ustawy o CIT odsyłają w tym zakresie do art. 4 ust. 3 ustawy – Prawo o szkolnictwie wyższym. Prace rozwojowe polegają na nabywaniu, łączeniu, kształtowaniu i wykorzystywaniu aktualnie dostępnej wiedzy i umiejętności, w tym w zakresie narzędzi informatycznych lub oprogramowania, do projektowania i tworzenia zmienionych, ulepszonych lub nowych produktów, procesów lub usług. Wyłączone są natomiast rutynowe i okresowe zmiany, nawet jeżeli mają charakter ulepszeń.

Przesłanki te zostały omówione w objaśnieniach podatkowych Ministra Finansów z 15.7.2019 r. dotyczących IP Box. Twórczość wiąże się z powstaniem nowego wytworu intelektu, przy czym wystarczająca jest twórczość w skali przedsiębiorstwa – rozwiązanie może być nowe dla podatnika, nawet jeżeli podobne opracował już inny podmiot. Systematyczność oznacza prowadzenie prac w sposób metodyczny, zaplanowany i uporządkowany. W przypadku prac rozwojowych zasadnicze znaczenie ma wykorzystanie posiadanej lub zdobywanej wiedzy do tworzenia nowych zastosowań. Podatnik powinien zatem wykazać, jaką wiedzą i umiejętnościami dysponował przed rozpoczęciem projektu, jakie rozwinął w toku prac oraz jak wykorzystał je do stworzenia nowego lub istotnie ulepszonego rozwiązania.

Nie każde wdrożenie ani każda modyfikacja oprogramowania stanowi działalność B+R. Kwalifikacji tej nie wyklucza jednak regulacyjna przyczyna projektu. Należy ustalić, czy prowadzi on do powstania nowego lub istotnie ulepszonego rozwiązania, czy jedynie do wdrożenia dostępnego narzędzia zgodnie z jego przeznaczeniem.

Trzy modele wdrożenia KSeF

Model 1. Standardowe wdrożenie gotowego rozwiązania

Pierwszy model obejmuje zakup gotowego rozwiązania i jego standardową konfigurację. Jeżeli prace sprowadzają się do instalacji oprogramowania, ustawienia dostępnych parametrów, nadania uprawnień użytkownikom, uzupełnienia danych lub przeprowadzenia standardowych testów, trudno mówić o działalności twórczej. Są to co do zasady czynności wdrożeniowe, polegające na wykorzystaniu istniejących funkcjonalności zgodnie z ich przeznaczeniem.

Model 2. Integracja KSeF z istniejącymi systemami

Drugi model obejmuje integrację KSeF z funkcjonującymi w przedsiębiorstwie systemami ERP, finansowo-księgowymi, sprzedażowymi lub systemami obiegu dokumentów. Sama integracja nie przesądza jeszcze o prowadzeniu działalności B+R. Jeżeli opiera się na gotowym konektorze i znanym schemacie postępowania, może nadal stanowić zwykłe wdrożenie techniczne.

Inaczej należy ocenić projekt, w którym dostępne rozwiązania nie pozwalają osiągnąć zakładanego rezultatu, a podatnik musi samodzielnie opracować koncepcję techniczną integracji, zaprojektować sposób przekształcania danych i zweryfikować przyjęte założenia w toku testów.

Model 3. Stworzenie własnego rozwiązania informatycznego

Największy potencjał do spełnienia przesłanek działalności B+R ma trzeci model, obejmujący samodzielne stworzenie nowych modułów, interfejsów lub narzędzi do wymiany danych, których podatnik dotychczas nie posiadał.

Samo określenie projektu jako „autorskiego” nie wystarcza. Podatnik powinien wykazać twórczy charakter prac oraz powstanie nowego lub istotnie ulepszonego rezultatu. Szczególnie model drugi może obejmować zarówno zwykłe wdrożenie, jak i działalność B+R, zależnie od rzeczywistego zakresu prac.

Granica między pracą rozwojową a rutynową zmianą

Zmiana nie staje się rutynowa wyłącznie dlatego, że wynika z obowiązku prawnego. Z drugiej strony nawet złożony i kosztowny projekt nie jest automatycznie działalnością B+R, jeżeli polega na zastosowaniu dostępnych rozwiązań według znanego schematu.

Za pracami rozwojowymi mogą przemawiać w szczególności: konieczność opracowania własnej koncepcji technicznej, brak gotowego rozwiązania odpowiadającego potrzebom przedsiębiorstwa, tworzenie nowych funkcjonalności, prowadzenie prac prototypowych, testowanie alternatywnych wariantów oraz iteracyjne rozwiązywanie problemów technicznych.

Poza zakresem B+R pozostają natomiast co do zasady aktualizacja oprogramowania do nowej wersji, wdrożenie poprawki dostarczonej przez producenta, konfiguracja standardowych pól i uprawnień oraz zwykłe testy odbiorcze. Podobnie samo dostosowanie danych do udostępnionej przez Ministerstwo Finansów struktury logicznej e-Faktury nie ma charakteru twórczego. Czynności te mogą być niezbędne do prawidłowego korzystania z KSeF, ale nie prowadzą same w sobie do powstania nowego zastosowania wiedzy.

Pomocnicze znaczenie ma opracowany przez OECD Podręcznik Frascati 2015. Według niego prace nad oprogramowaniem mogą stanowić działalność B+R, jeżeli zmierzają do metodycznego rozwiązania problemu technicznego, którego sposób rozwiązania nie jest znany na początku projektu. Podręcznik wyłącza natomiast rutynowe prace nad oprogramowaniem, w tym tworzenie aplikacji biznesowych znanymi metodami, rutynowe usuwanie błędów oraz dostosowanie produktu do konkretnego zastosowania, chyba że w toku tych prac powstaje wiedza znacząco ulepszająca program podstawowy. Wskazówki te nie zastępują jednak przesłanek wynikających z ustawy o CIT.

Wnioski z interpretacji indywidualnych

Najbardziej bezpośrednio do analizowanego zagadnienia odnosi się interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 16.9.2026 r. (0111-KDIB1-3.4010.470.2026.2.AN). Dotyczyła spółki integrującej z KSeF kilka własnych systemów. Prace prowadziły interdyscyplinarne zespoły pracowników w cyklach obejmujących analizę, projektowanie, testowanie i weryfikację przyjętych rozwiązań. Zmiany w systemach wykonywał wewnętrzny dział IT albo zewnętrzny partner technologiczny. Spółka wyłączyła jednak usługi partnera z zakresu własnej działalności B+R, a koszty tych usług z kosztów kwalifikowanych.

Dyrektor KIS uznał prace zespołów pracowników i wewnętrznego działu IT za działalność B+R, a odpowiednią część wynagrodzeń pracowników i zleceniobiorców za koszty kwalifikowane. W uzasadnieniu organ powołał się m.in. na objaśnienia dotyczące IP Box.

Uzupełniające znaczenie ma interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 30.10.2025 r. (0111-KDIB1-3.4010.557.2025.2.PC), dotycząca producenta oprogramowania rozwijającego systemy ERP i dedykowane dodatki, w tym rozwiązania służące realizacji obowiązków związanych z Jednolitym Plikiem Kontrolnym i KSeF. Spółka wskazywała, że dodatki powstały, ponieważ wdrażane systemy nie zawierały gotowych narzędzi do obsługi wymaganych struktur danych. W jej ocenie prace miały charakter twórczy, gdyż wymagały opracowania własnych koncepcji, rozwiązywania problemów technicznych i doskonalenia funkcjonalności na podstawie testów, a przy tym były prowadzone systematycznie przez wyodrębnione zespoły. Z działalności B+R spółka wyłączyła rutynowe i okresowe zmiany oraz rozwiązania opracowywane według ścisłych wytycznych podmiotu zewnętrznego. Organ uznał stanowisko spółki za prawidłowe, odstępując jednak od uzasadnienia oceny prac na podstawie art. 14c § 1 ustawy – Ordynacja podatkowa.

Interpretacje te odnoszą się przede wszystkim do modelu 2 i 3. Wynika z nich, że wykorzystanie istniejącego systemu lub dostępnych komponentów nie wyklucza prac rozwojowych, jeżeli podatnik twórczo je łączy, rozwija albo uzupełnia o własne funkcjonalności. Nie oznacza to jednak, że każda integracja z KSeF lub modyfikacja systemu ERP uprawnia do ulgi. Interpretacje chronią wyłącznie ich adresatów, a ocena zależy od przedstawionego stanu faktycznego.

Dokumentacja projektu i koszty kwalifikowane

Podatnik powinien oddzielić prace rozwojowe od standardowego wdrożenia, konfiguracji, utrzymania, szkoleń i wsparcia użytkowników. Dokumentacja projektu powinna obejmować w szczególności:

1. opis problemu technicznego i zakładanego rezultatu;
2. harmonogram i zakres prac poszczególnych osób;
3. dokumentację analizowanych wariantów, testów i kolejnych iteracji;
4. opis wiedzy posiadanej przed rozpoczęciem projektu oraz rozwiniętej i wykorzystanej w toku prac;
5. wskazanie nowych lub istotnie ulepszonych funkcjonalności.

Samo uznanie części prac za działalność B+R nie oznacza, że wszystkie wydatki poniesione na wdrożenie KSeF podlegają dodatkowemu odliczeniu. Przepis art. 18d ustawy o CIT pozwala odliczyć wyłącznie wymienione w nim koszty kwalifikowane, a koszty działalności B+R należy wyodrębnić w ewidencji zgodnie z art. 9 ust. 1b ustawy o CIT. W projektach IT będą to najczęściej odpowiednie części wynagrodzeń pracowników oraz osób wykonujących czynności na podstawie umów zlecenia lub umów o dzieło, wraz ze składkami finansowanymi przez płatnika. Odliczenie przysługuje proporcjonalnie do czasu faktycznie przeznaczonego na działalność B+R. Do kosztów osobowych z art. 18d ust. 2 pkt 1 i 1a ustawy o CIT nie zalicza się natomiast wynagrodzeń zewnętrznego dostawcy oprogramowania ani współpracowników prowadzących działalność gospodarczą.

Podsumowanie

Wdrożenie KSeF nie jest samo w sobie działalnością B+R, lecz kwalifikacji tej nie wyklucza regulacyjny cel projektu. Decydujący jest rzeczywisty charakter prac.

Standardowy zakup, konfiguracja i uruchomienie gotowego rozwiązania zasadniczo pozostają poza zakresem ulgi. Inaczej może być w przypadku integracji wymagającej opracowania własnej koncepcji technicznej albo stworzenia nowego lub istotnie ulepszonego narzędzia. Niezbędne jest przy tym wyodrębnienie prac B+R w ramach projektu oraz rzetelne udokumentowanie ich przebiegu i kosztów.