Przewiduje się, że przepisy art. 3–5, art. 6 ust. 1 oraz art. 7–33 tej ustawy będą stosowane do 31.12.2020 r., a wejdzie ona w życie z dniem następującym po dniu ogłoszenia, z tym że art. 3–30 i art. 33 – z mocą od 1.2.2020 r.
Niektóre przepisy zawarte w ustawie mogą mieć znaczenie dla zamawiających – beneficjentów udzielających zamówień współfinansowanych ze środków unijnych. Przykładowo, z art. 5 ust. 1 ustawy wynika, że w przypadku gdy nieprawidłowość indywidualna jest bezpośrednim skutkiem wystąpienia COVID-19, a beneficjent wykaże, że pomimo dochowania należytej staranności nie był w stanie zapobiec wystąpieniu tej nieprawidłowości, korygowanie wydatków następuje przez pomniejszenie wydatków ujętych w deklaracji wydatków oraz we wniosku o płatność, przekazywanych do Komisji Europejskiej, o kwotę odpowiadającą oszacowanej wartości korekty finansowej wynikającej z tej nieprawidłowości. W takim przypadku nie stosuje się przepisów art. 207 FinPubU, a więc m.in. dotyczących zwrotu wraz z odsetkami jak dla zaległości podatkowych środków wykorzystanych z naruszeniem procedur ZamPublU. Kwota korekty finansowej jest wówczas pokrywana ze środków budżetu państwa. Przesuwa się tym samym w szczególnych przypadkach ciężar nieprawidłowości indywidualnej na budżet państwa i uwalnia beneficjenta od odpowiedzialności za wskazaną nieprawidłowość.
Zgodnie z art. 17 ust. 1 ustawy, jeżeli na skutek wystąpienia COVID-19 przeprowadzenie kontroli lub audytów, o których mowa w art. 16 ust. 1 pkt 2 i 3 oraz art. 22 ust. 1 ustawy z 11.7.2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014–2020 (tzw. ustawy wdrożeniowej), jest niemożliwe lub znacznie utrudnione, kontrole oraz audyty mogą zostać wstrzymane, chyba że możliwe jest ich prowadzenie w trybie pracy zdalnej lub z wykorzystaniem środków komunikacji elektronicznej. Terminy na dokonanie czynności w ramach przeprowadzanych kontroli, o których mowa w art. 25 ustawy wdrożeniowej, mogą zostać przedłużone przez właściwą instytucję.
Ponadto w art. 24 ustawy przewidziano wyłączenie stosowania przepisów ZamPublU do zamówień udzielanych przez podmioty, którym powierzono zarządzanie środkami, o których mowa w art. 3b ustawy z 6.12.2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, w szczególności regionalne fundusze rozwoju, o których mowa w art. 13 ust. 1a ustawy z 5.6.1998 r. o samorządzie województwa, w odniesieniu do instrumentów wsparcia niezbędnych do przeciwdziałania negatywnym skutkom wystąpienia COVID-19 finansowanych z tych środków. Wyłączenie dla tych podmiotów z obowiązku stosowania przepisów ZamPublU ma umożliwić zarządom województw szybkie wdrożenie wsparcia dla przedsiębiorców.
Kluczowe znaczenie może mieć również art. 30 ustawy wyłączający odpowiedzialność za naruszenie dyscypliny finansów publicznych określonej w art. 13 DyscypFinPubU wobec osób, o których mowa w art. 4a DyscypFinPubU, jeżeli naruszenie miało bezpośredni związek z przeciwdziałaniem negatywnym skutkom wystąpienia COVID-19, a osoby te działały w celu prawidłowej realizacji projektów.