Przepisy nie przewidują wprost możliwości przekazania dwóch oddzielnych plików JPK KR PD za ten sam rok obrotowy, ale też nie zakazują tego w sytuacji uzasadnionej technicznie, jeśli księgi rachunkowe prowadzone są rzetelnie i zgodnie z przepisami ustawy o rachunkowości (dalej: RachunkU). Autor uważa, że najbezpieczniejszym podejściem jest ujednolicenie danych (mapowanie kont, kontrahentów, dzienników) i wygenerowanie jednego spójnego pliku JPK, ale technicznie dopuszczalne – pod warunkiem odpowiedniego udokumentowania – jest przekazanie dwóch plików (z każdego systemu osobno).
W myśl art. 24 ust. 1 RachunkU, księgi rachunkowe muszą być prowadzone w sposób ciągły i umożliwiać uzyskanie rzetelnych danych finansowych w dowolnym momencie roku obrotowego. Plik JPK KR PD jest odzwierciedleniem stanu ksiąg rachunkowych i musi umożliwiać organom podatkowym weryfikację danych podatkowych oraz sprawozdania finansowego.
Przy zmianie systemu w trakcie roku należy zapewnić ciągłość zapisów księgowych, co wynika z art. 13 ust. 4 i art. 24 ust. 5 RachunkU, nawet jeśli zmienia się plan kont, numeracja kontrahentów czy schematy księgowań. Praktyka i interpretacje Ministerstwa Finansów wskazują, że można generować osobne pliki JPK z różnych systemów, o ile łącznie odzwierciedlają one całość ksiąg rachunkowych i można zapewnić powiązanie zapisów między nimi.
Dwa pliki JPK mogą wzbudzić pytania organów podatkowych w kontekście ciągłości numeracji i spójności planu kont. W takim przypadku konieczne będzie dostarczenie dodatkowych wyjaśnień i dokumentacji. Generowanie jednego spójnego pliku (z mapowaniem kont i numeracji) jest zgodne z zasadą „jednolitości ksiąg” i może być uznane za bezpieczniejsze rozwiązanie.
Autor uważa, że istnieją następujące rozwiązania:
1) najbezpieczniejsze – wstrzymanie migracji do końca roku obrotowego,
2) dopuszczalne – dwa pliki JPK, jednak pod warunkiem jasnego rozdziału okresów, pełnego udokumentowania zmiany systemu (np. protokoły migracji, instrukcja kontynuacji numeracji) oraz załączonych wyjaśnień dla organu podatkowego,
3) najbardziej zgodne z ideą JPK – konwersja i ujednolicenie danych do jednego pliku JPK; wymaga to jednak nakładu pracy i odpowiedniego mapowania planu kont.
Rekomendacja dla kontrahenta może być taka, że zaleca się, aby w miarę możliwości dostarczyć jeden spójny plik JPK KR PD za 2025 r., przygotowany na podstawie danych z obu systemów (poprzez mapowanie kont i kontrahentów). Jeśli jest to technicznie zbyt skomplikowane, dopuszczalne jest przekazanie dwóch plików JPK, jednak pod warunkiem przygotowania dokumentacji wyjaśniającej przyczynę i zapewnienia, że oba pliki łącznie stanowią pełny obraz ksiąg rachunkowych za 2025 r.
