W przypadku prowadzenia przez małżonków jednoosobowych działalności gospodarczych, wspólne rozliczenie może nastąpić dopiero w rocznym zeznaniu podatkowym. Na etapie zaliczek nie ma możliwości skorzystania z obniżenia ich wysokości w związku ze wspólnym rozliczeniem.
Zgodnie z art. 6 ust. 2 ustawy o PIT małżonkowie podlegający nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu w Polsce, pozostający w związku małżeńskim i we wspólności majątkowej przez cały rok albo od dnia zawarcia związku małżeńskiego do ostatniego dnia roku podatkowego – w przypadku, gdy związek małżeński został zawarty w trakcie roku podatkowego – mogą być (z wyjątkami), na wspólny wniosek wyrażony w zeznaniu podatkowym, opodatkowani łącznie od sumy swoich dochodów, po uprzednim odliczeniu kwot pomniejszających dochód. W takim przypadku podatek określa się na imię obojga małżonków w podwójnej wysokości podatku obliczonego od połowy łącznych dochodów małżonków.
Ustawa o podatku dochodowym od osób fizycznych przewiduje również przepis, zgodnie z którym jeśli podatnik złoży płatnikowi oświadczenie, że za dany rok zamierza opodatkować dochody wspólnie z małżonkiem, wówczas zaliczki za wszystkie miesiące są pobierane według stawki 12%. Przepis ten dotyczy osób uzyskujących od zakładów pracy przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, z pracy nakładczej lub ze spółdzielczego stosunku pracy, z zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego wypłacanych przez zakłady pracy lub z tytułu udziału w nadwyżce bilansowej wypłacanej w spółdzielniach pracy.
Podobnych przepisów nie ma w odniesieniu do przychodów z jednoosobowej działalności gospodarczej. Oznacza to, że choć wspólne rozliczenie małżonków jest jak najbardziej dopuszczalne, to ustawodawca nie przewidział możliwości obniżenia podatku już na etapie wpłacanych zaliczek. Zatem dopiero w rocznym zeznaniu podatnik będzie mógł obniżyć podatek do zapłaty.
