W rozporządzeniu w sprawie właściwości organów podatkowych określono:

1) właściwość miejscową organów podatkowych w sprawach niektórych zobowiązań podatkowych lub poszczególnych kategorii podatników, płatników lub inkasentów;

2) właściwość miejscową organów podatkowych w przypadku zaistnienia zdarzenia powodującego zmianę właściwości miejscowej w trakcie roku podatkowego lub okresu rozliczeniowego;

3) właściwość rzeczową organów podatkowych w sprawach związanych ze stosowaniem ulg w spłacie zobowiązań podatkowych;

4) właściwość miejscową organów podatkowych w sprawach stwierdzenia nadpłaty podatków pobieranych przez płatników.

W zmiany w rozporządzeniu w sprawie właściwości organów podatkowych przede wszystkim dotyczą spółek wchodzących w skład podatkowej grupy kapitałowej (PGK). W sprawach opodatkowania:

1) PCC, w których właściwość miejscową organu podatkowego ustala się ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnikiem jest spółka wchodząca w skład PGK,

2) VAT, jeżeli podatnikiem jest spółka wchodząca w skład PGK,

3) PIT, w przypadku płatnika będącego spółką wchodzącą w skład PGK

– właściwym miejscowo organem podatkowym jest organ właściwy ze względu na siedzibę spółki dominującej w rozumieniu ustawy z 15.2.1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2018 r. poz. 1036 ze zm.; dalej: PDOPrU).

Właściwość miejscową organów podatkowych w sprawach odpowiedzialności podatkowej płatnika, w przypadku spółki wchodzącej w skład podatkowej grupy kapitałowej, ustala się według siedziby spółki dominującej w rozumieniu przepisów PDOPrU.

W przypadku utraty statusu podatnika w trakcie roku podatkowego przez PGK organem podatkowym właściwym miejscowo w sprawach rozliczeń:

1) CIT, VAT oraz PCC, jeżeli podatnikiem jest spółka, która wchodziła w skład PGK,

2) podatku dochodowego od osób fizycznych, w przypadku płatnika będącego spółką, która wchodziła w skład podatkowej grupy kapitałowej

– do końca roku kalendarzowego, w którym nastąpiła utrata statusu podatnika przez PGK, pozostaje organ podatkowy, który był właściwy dla tej grupy.

Ponadto, właściwość miejscową organów podatkowych ustala się w sprawach opłaty reklamowej – według miejsca usytuowania tablic reklamowych lub urządzeń reklamowych.