Na podstawie art. 28b ustawy z 15.2.1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2018 r. poz. 1036 ze zm.; dalej PDOPrU), odpowiednio art. 44f ustawy z 26.7.1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz.U. z 2018 r. poz. 1509 ze zm.; dalej PDOFizU) organ podatkowy zwraca, na wniosek, podatek pobrany zgodnie z art. 26 ust. 2e PDOPrU/art. 41 ust. 12 PDOFizU (podatek u źródła od należności w łącznej kwocie powyżej 2 mln zł). Wniosek ten składa podatnik (nierezydent) albo płatnik, jeżeli wpłacił podatek z własnych środków i poniósł ciężar ekonomiczny tego podatku.

Na podstawie art. 28b PDOPrU, organ podatkowy zwraca, na wniosek, podatek pobrany zgodnie z art. 26 ust. 2e (podatek u źródła od należności w łącznej kwocie powyżej 2 mln zł). Wysokość podatku do zwrotu określa się na podstawie zwolnień lub stawek wynikających z przepisów szczególnych lub umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, których stroną jest Polska. Wniosek o zwrot podatku może złożyć:

1) podatnik (nierezydent),

2) płatnik, jeżeli wpłacił podatek z własnych środków i poniósł ciężar ekonomiczny tego podatku.

W sprawie zwrotu organ wydaje decyzję, w której określa kwotę do zwrotu. Sposób przesyłania wniosku o zwrot podatku określa rozporządzenie MF z 28.12. 2018 r. w sprawie sposobu przesyłania wniosku o zwrot podatku dochodowego od osób prawnych za pomocą środków komunikacji elektronicznej (Dz.U. z 2018 r. poz. 2504). Rozporządzenie przewiduje, że wniosek przesyłany jest środkami komunikacji elektronicznej za pomocą oprogramowania interfejsowego dostępnego na stronie, której adres jest podany w BIP na stronie MF. Wniosek powinien być opatrzony kwalifikowanym podpisem elektronicznym. Struktura logiczna urzędowego poświadczenia odbioru wniosku jest udostępniona w BIP na stronie MF. Urzędowe poświadczenie odbioru wydane przez elektroniczną skrzynkę podawczą systemu teleinformatycznego administracji podatkowej, po przeprowadzeniu prawidłowej weryfikacji struktury logicznej, poprawności danych i podpisu elektronicznego:

1) zapewnia integralność przekazanego wniosku zgodnie z przepisami ustawy z 17.2.2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne (Dz.U. z 2017 r. poz. 570);

2) zawiera datę i godzinę przekazania wniosku i stanowi dowód doręczenia dokumentu.

Odpowiednie przepisy, które są zwarte w art. 28b PDOPrU, znajdują się też w art. 44f PDOFizU.

W konsekwencji w rozporządzeniu MF z 28.12.2018 r. w sprawie sposobu przesyłania wniosku o zwrot podatku dochodowego od osób fizycznych za pomocą środków komunikacji elektronicznej (Dz.U. z 2018 r. poz. 2516) zawarto analogiczne przepisy odnośnie do sposobu składania wniosku o zwrot podatku dochodowego od osób fizycznych.