Od 1.1.2021 r. obowiązują zmiany wprowadzone rozporządzeniem Ministra Finansów, Funduszy i Polityki Regionalnej z 28.12.2020 r. w sprawie niektórych podatników i płatników, w odniesieniu do których zadania są wykonywane przez naczelnika urzędu skarbowego innego niż właściwy miejscowo (Dz U. z 2020 r. poz. 2456).

Dotychczas funkcjonujące 20 wyspecjalizowanych urzędów skarbowych ma obecnie zajmować się podmiotami o strategicznym znaczeniu dla polskiej gospodarki.

Przewidziano m.in. wyodrębnienie jednego wyspecjalizowanego urzędu skarbowego o zasięgu krajowym oraz pozostałych o zasięgu wojewódzkim. Wybranym urzędem o krajowym zasięgu stał się I MUS w Warszawie. Będzie on zapewniał kompleksową obsługę podatkowych grup kapitałowych i tworzących je spółek, Narodowego Banku Polskiego, banków państwowych, krajowych i hipotecznych, krajowych zakładów ubezpieczeń i zakładów reasekuracji, określonych spółek publicznych oraz osób prawnych lub jednostek organizacyjnych nieposiadających osobowości prawnej, których przychody/obroty przekraczają 50 mln euro.

Obecny katalog podmiotów, których obsługą zajmują się wyspecjalizowane urzędy skarbowe o zasięgu wojewódzkim, obejmuje banki spółdzielcze, spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe (SKOK), jednostki samorządu terytorialnego, oddziały lub przedstawicielstwa firm zagranicznych, przedsiębiorstwa zagraniczne o przychodach netto na poziomie co najmniej 3 mln euro, uczelnie osiągające w ramach działalności gospodarczej przychody na poziomie co najmniej 3 mln euro oraz osoby prawne lub jednostki organizacyjne nieposiadające osobowości prawnej o przychodach/obrotach na poziomie od 3 do 50 mln euro.

Firmy z udziałem kapitału zagranicznego o mniejszych obrotach będą obsługiwane przez zwykłe urzędy skarbowe.

Drugi Mazowiecki Urząd Skarbowy (II MUS) w Warszawie zajmie się centralizacją obsługi funduszy inwestycyjnych i emerytalnych.

Urzędem odpowiedzialnym za podatek u źródła wyspecjalizowanym w skali kraju będzie Lubelski Urząd Skarbowy w Lublinie (LUS).

Wprowadzona zmiana we właściwości naczelnika urzędu skarbowego nastąpiła od 1.1.2021 r. automatycznie. Podatnicy nie mają więc obowiązku składania do urzędu skarbowego zawiadomienia o zmianie urzędu ani też aktualizacji w tym zakresie na VAT-R. Urzędy skarbowe właściwe po zmianie będą wysyłały podatnikom informację o zmianie właściwości, może to jednak potrwać do końca stycznia.