Faktura korygująca jest w systemie KSeF nowym, odrębnym dokumentem i musi posiadać własny numer z serii numeracyjnej właściwej dla korekt. Numer faktury korygującej nie może być zatem tożsamy z numerem faktury pierwotnej.
Zgodnie z art. 106j ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT, każda faktura korygująca musi zawierać swój własny numer kolejny oraz datę jej wystawienia. Numer ten jest wykazywany w polu P 2 struktury logicznej i służy do jednoznacznej identyfikacji dokumentu w ramach serii numeracji stosowanej przez sprzedawcę.
Faktura korygująca nie może zatem mieć nadanego takiego samego numeru jak faktura pierwotna. Faktura korygująca „odwołuje się” do faktury pierwotnej nie poprzez przejęcie jej numeru, lecz poprzez wypełnienie dedykowanej sekcji DaneFaKorygowanej. W polach tej sekcji należy podać numer faktury korygowanej (oryginalny numer z pola P 2 faktury pierwotnej) w polu NrFaKorygowanej, datę wystawienia faktury pierwotnej oraz numer KSeF faktury pierwotnej (jeśli został nadany).
W przypadku korygowania nazwy lub adresu odbiorcy, w fakturze korygującej należy wypełnić sekcję Podmiot2 (dane poprawne) oraz opcjonalnie sekcję Podmiot2K, w której wskazuje się pełne dane nabywcy w brzmieniu błędnym, jakie widniało na fakturze korygowanej.
Końcowo warto również zaznaczyć, że system KSeF posiada wbudowany mechanizm blokowania duplikatów. Weryfikuje on unikalność dokumentu na podstawie numeru NIP sprzedawcy, kolejnego numeru faktury (P 2) oraz rodzaju faktury. Próba przesłania dokumentu o numerze identycznym z numerem już istniejącym w systemie powinna skutkować odrzuceniem pliku i błędem 440 „Duplikat faktury”.
