Wątpliwość budzi kwestia, czy opłata przekształceniowa obejmuje także bonifikaty, które dotychczasowy użytkownik wieczysty miał przyznane w ramach opłaty rocznej. Tym zagadnieniem zajmował się WSA w Krakowie (wyrok z 1.2.2020, II SA/Kr 1555/19).
Na gruncie przepisów ustawy z 20.7.2018 r. o przekształceniu prawa użytkowania wieczystego gruntów zabudowanych na cele mieszkaniowe w prawo własności tych gruntów (t.j. Dz.U. z 2020 r. poz. 139 ze zm.; dalej: PrzeksztUżytkWieczU), ustawa przewiduje odpłatność przekształcenia (art. 7 ust. 1).
Zgodnie z art. 7 ust. 2 PrzeksztUżytkWieczU wysokość opłaty jest równa wysokości opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego, która obowiązywałaby w dniu przekształcenia.
Rozstrzygnięcie sprawy, wobec niespornego stanu faktycznego, sprowadzało się do dokonania wykładni sformułowania: „opłata roczna z tytułu użytkowania wieczystego, która obowiązywałaby w dniu przekształcenia„. Sformułowanie to niewątpliwie odnosi się do zindywidualizowanej opłaty rocznej ustalonej dla konkretnego użytkownika wieczystego, bo tylko taka obowiązywałaby w dniu przekształcenia. Przemawia za tym również przyjęta przez ustawodawcę forma aktu administracyjnego potwierdzającego zaistnienie przekształcenia w postaci zaświadczenia. Z przepisu art. 4 ust. 4 PrzeksztUżytkWieczU wynika, że w zaświadczeniu potwierdza się przekształcenie prawa użytkowania wieczystego gruntów zabudowanych na cele mieszkaniowe w prawo własności tych gruntów (co nastąpiło z mocy prawa) oraz informuje o obowiązku wnoszenia rocznej opłaty przekształceniowej, wysokości i okresie wnoszenia tej opłaty, a także możliwości wniesienia opłaty, o której mowa w art. 7 ust. 7, i zasadach jej wnoszenia. W myśl art.7 ust.1 i 2 PrzeksztUżytkWieczU wysokość opłaty ponoszonej przez nowego właściciela gruntu na rzecz dotychczasowego właściciela gruntu jest równa wysokości opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego, która obowiązywałaby w dniu przekształcenia.
W zaświadczeniu nie może być zatem ustalona inna wysokość opłaty rocznej niż ponoszona wcześniej przez określonego użytkownika wieczystego. Wszak nie kreuje ono żadnego stosunku prawnego, a jedynie potwierdza istniejące fakty. Podobnie jak samo przekształcenie, obowiązek uiszczenia opłaty następuje z mocy prawa – z dniem, w którym to przekształcenie następuje. Wysokość rocznej opłaty przekształceniowej musi uwzględniać obniżki opłaty z tytułu użytkowania wieczystego ustalone w umowie o ustanowienie użytkowania wieczystego.