Kapitał zakładowy ujmowany jest w kwocie zarejestrowanej dla spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w Krajowym Rejestrze Sądowym. Tym samym nadwyżka, o której mowa w pytaniu, nie może być ujęta w tej pozycji kapitałów własnych. Ustaloną nadwyżkę wartości aktywów nad pasywami ujmuje się jako kapitał zapasowy, chyba że w planie przekształcenia wskazano, że ta dodatnia różnica (lub jej część) należna jest wspólnikom. W tym drugim przypadku, który dotyczy de facto skorygowanego dochodu, właściwe ujęcie to zaksięgowanie nadwyżki aktywów nad pasywami w grupie zobowiązań wobec wspólników (lub zysku/straty z lat ubiegłych, jeżeli wspólnicy nie podjęli jeszcze uchwały o wypłacie).
Sporządzenie inwentarza jest konieczne dla ustalenia wartości stanów początkowych (bilansu otwarcia) spółki z ograniczoną odpowiedzialnością. W sytuacji, gdy spółka cywilna (przekształcana) nie prowadziła ksiąg rachunkowych, inwentarz jest wykazem aktywów i pasywów, które zostały potwierdzone inwentaryzacją. Inwentarz stanowi również element ksiąg rachunkowych. Z powyższego wynika obowiązek rozliczenia wszelkich różnic inwentaryzacyjnych w księgach rachunkowych roku obrotowego, na który przypadał termin inwentaryzacji. To oznacza, że różnica opisana w pytaniu powinna zostać ujęta wśród stanów początkowych stanowiących o bilansie otwarcia spółki z ograniczoną odpowiedzialnością.
Ustalona dodatnia różnica pomiędzy aktywami a pasywami zidentyfikowanymi w toku inwentaryzacji i wycenionymi zgodnie z regulacjami ustawy o rachunkowości, podlega ujęciu jako kapitał zapasowy, z poniższym zastrzeżeniem. W toku przygotowania do otwarcia ksiąg rachunkowych koniecznym jest, obok sporządzenia inwentarza, obliczenie tzw. skorygowanego dochodu, tj. przekształcenie dochodu (straty) wynikającego z ewidencji prowadzonej dotychczas w podatkowej księdze przychodów i rozchodów do kwoty zysku (straty) obliczonej zgodnie z regulacjami ustawy o rachunkowości. Korekta ta dotyczy okresu od pierwszego dnia roku obrotowego, w którym nastąpiło przekształcenie, do dnia poprzedzającego przekształcenie spółki cywilnej. Zakładając, że różnica, o której pytający pisze w swoim pytaniu, stanowi kwotę już po uwzględnieniu ewentualnych korekt z tytułu różnic w ustalaniu dochodu (straty podatkowej) i zysku (straty rachunkowej), to w całości różnica ta powinna zostać zaprezentowana w kapitale zapasowym, który pozostaje do dyspozycji wspólników.
Jeżeli w kwocie, o której mowa w pytaniu, zawarty jest zysk od pierwszego dnia roku obrotowego, w którym nastąpiło przekształcenie, do dnia poprzedzającego przekształcenie, to odpowiednia część tej różnicy powinna zostać ujęta jako „Zysk z lat ubiegłych”, chyba że wspólnicy podjęli uchwałę o podziale tego zysku. W takim przypadku właściwe ujęcie księgowe to grupa zobowiązań.