W przepisach rozporządzenia Ministra Zdrowia z 12.3.2020 r. w sprawie sposobu i trybu finansowania z budżetu państwa świadczeń opieki zdrowotnej wykonywanych w związku z przeciwdziałaniem COVID-19 (Dz.U. poz.422) określono, że koszty świadczeń zdrowotnych w tym transportu sanitarnego wykonywanych w związku z przeciwdziałaniem COVID-19 przez podmioty wykonujące działalność leczniczą są finansowane przez Narodowy Fundusz Zdrowia ze środków pochodzących z budżetu państwa z części, której dysponentem jest Minister Zdrowia. Należy podkreślić, że finansowanie kosztów świadczeń zdrowotnych dotyczy wyłącznie podmiotów wpisanych do wykazu podmiotów udzielających świadczeń opieki zdrowotnej, w tym transportu sanitarnego, w związku z przeciwdziałaniem wirusowi SARS-CoV-2.
Podstawą finansowania świadczeń zdrowotnych wykonanych w związku z przeciwdziałaniem COVID-19 jest przygotowanie i przekazanie przez Prezesa NFZ elektronicznie do Ministra Zdrowia sprawozdania z rozliczonych świadczeń opieki zdrowotnej wykonanych w związku z przeciwdziałaniem COVID-19 zawierających informacje o wysokości środków przekazanych na sfinansowanie tych świadczeń w podziale na oddziały wojewódzkie oraz wniosek o przekazanie środków finansowych. Należy nadmienić, że Prezes NFZ przekazuje powyższe dokumenty w terminie do 20. dnia każdego miesiąca, za miesiąc poprzedni. Minister Zdrowia przekazuje Narodowemu Funduszowi Zdrowia środki finansowe w terminie 30 dni od dnia otrzymania sprawozdania.