Przepisy ustawy z 23.10.2018 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2018 r. poz. 2193; dalej: ZmPDOFizPrOrdPU18) przewidują możliwość wyboru przez podatnika, będącego emitentem obligacji, klasycznej (dotychczasowej) formy opodatkowania tych dochodów (tj. podatkiem pobieranym u źródła od obligatariusza) albo formy opodatkowania, której założeniem jest przejęcie obowiązku podatkowego w tym zakresie przez podatnika będącego emitentem. Przesunięcie opodatkowania na emitenta, w alternatywnej formule, dotyczy tylko dochodów uzyskanych przez nierezydentów.
Wybór alternatywnego opodatkowania przychodów z odsetek i dyskonta pozostaje w gestii decyzji samego podatnika. Prawo do wyboru opodatkowania będzie dotyczyć również przychodów otrzymanych przez podatników przed dniem 1.1.2019 r., jeśli na dzień ten dzień nie doszło jeszcze do wykupu wyemitowanych obligacji. Takie rozwiązanie ma na celu zrównanie praw podatników dokonujących emisji przed i po dniu wejścia w życie ZmPDOFizPrOrdPU18.
Jednocześnie w związku z powyższym w przygotowaniu jest rozporządzenie Ministra Finansów w sprawie przedłużenia terminu do zawiadamiania o dokonaniu wyboru opodatkowania zryczałtowanym podatkiem dochodowym od osób prawnych kwoty odsetek oraz dyskonta, wypłacanych w ramach emisji danej serii obligacji proponuje się przedłużenie terminu do złożenia zawiadomienia o wyborze alternatywnej formy opodatkowania. Zgodnie z art. 19 ust. 2 ZmPDOFizPrOrdPU18 – podatnicy, którzy chcieliby skorzystać z preferencyjnego zryczałtowanego opodatkowania od wypłat odsetek i dyskonta zrealizowanych w ramach emisji danej serii obligacji, są obowiązani zawiadomić o tym wyborze, w formie pisemnej, właściwego naczelnika urzędu skarbowego, nie później niż do 31.3.2019 r. Ten termin, który już minął, planuje się przedłużyć do 30.6.2019 r., aby umożliwić większej grupie podatników skorzystania z zryczałtowanej stawki podatkowej w wysokości 3%.