Dokument opatrzony wyrazem „duplikat” będzie wystawiany w sytuacji, gdy sprzedawca musi odtworzyć dokument wystawiony pierwotnie poza systemem (np. w trybie awaryjnym) na podstawie danych posiadanych przez nabywcę, zanim faktura ta zostanie przekazana do KSeF. Po wprowadzeniu faktury do KSeF, duplikat faktury – nowy dokument z napisem „duplikat” – zostaje zastąpiony tzw. ponownym udostępnieniem wizualizacji faktury ustrukturyzowanej (opatrzonej kodem QR) dla podmiotów pracujących poza systemem. Dla podmiotów, które korzystają z KSeF, faktura jest po prostu zawsze dostępna w repozytorium systemowym.

Po wejściu w życie obowiązkowego KSeF wystawianie duplikatów faktur nie zostanie całkowicie wyeliminowane, lecz ograniczone do ściśle określonych przypadków oraz zdarzeń występujących bardzo rzadko w obrocie gospodarczym.

Faktura ustrukturyzowana jest przechowywana w KSeF przez okres 10 lat, a zarówno sprzedawca, jak i nabywca (w relacjach B2B) mają możliwość jej pobrania z systemu w dowolnym momencie. Istnieje wówczas brak ryzyka utraty lub zniszczenia takiej faktury, a więc wystawianie duplikatów nie będzie konieczne.

W przypadku podmiotów otrzymujących faktury w sposób uzgodniony poza systemem KSeF (np. kontrahenci zagraniczni, konsumenci), jeżeli taki podmiot zgubi fakturę, sprzedawca nie wystawia jej „duplikatu” (jako nowej faktury z napisem „duplikat”), lecz ponownie udostępnia wizualizację pierwotnej faktury ustrukturyzowanej, w postaci papierowej lub jako plik PDF przesłany pocztą elektroniczną, dbając o to, by zawierała ona kod QR oraz numer KSeF pozwalający na jej weryfikację w KSeF. Tak wynika z art. art. 106l ust. 1 w zw. z art. 106gb ust. 4 VATU.

Na podstawie art. 106nf ust. 13 VATU w okresie trwania awarii KSeF ogłoszonej w BIP, jeśli faktura ulegnie zniszczeniu lub zaginie przed jej przesłaniem do systemu, podatnik na wniosek nabywcy ponownie udostępnia nabywcy fakturę. W tym przypadku sprzedawca przekazuje nabywcy kopię już istniejącego dokumentu elektronicznego, który został wystawiony zgodnie ze wzorem e–faktury.

W jednym szczególnym przypadku podatnik wystawia jednak duplikat dokumentu (zawierający datę ponownego wystawienia oraz wyraz „duplikat”), opierając się na danych zawartych na fakturze będącej w posiadaniu nabywcy. Rozwiązanie to będzie stosowane raczej tylko w sytuacji, gdy to nabywca posiada dokument, ale sprzedawca – z różnych powodów – musi wygenerować go na nowo w swoim systemie.

Niezależnie od tego, czy faktura jest udostępniana ponownie, czy wystawiana jako duplikat, w obydwu ww. przypadkach musi ona zostać opatrzona odpowiednimi oznaczeniami, ponieważ jest przekazywana poza KSeF, tj. kodem QR „Offline” oraz kodem QR „Certyfikat”. Po przesłaniu faktury do KSeF (po usunięciu awarii) staje się ona dostępna dla sprzedawcy i nabywcy korzystającego z KSeF, bezpośrednio w systemie. Od tego momentu można ją samodzielnie pobrać, co eliminuje potrzebę wystawiania tradycyjnego duplikatu przez sprzedawcę.

Po przesłaniu faktury do KSeF (po usunięciu awarii) dla podmiotów otrzymujących faktury w sposób uzgodniony poza systemem KSeF (np. kontrahenci zagraniczni, konsumenci), jeśli faktura przesłana do KSeF zaginie po stronie nabywcy, sprzedawca nie wystawia duplikatu, a na wniosek nabywcy udostępnia ją ponownie, oznaczoną kodem QR, który umożliwi nabywcy weryfikację danych w systemie.

Powyższe dowodzi, że po przesłaniu takiej faktury do KSeF (po usunięciu awarii) i nadaniu numeru KSeF dla takiej faktury, po stronie sprzedawcy nie pojawia się obowiązek wystawienia duplikatu tej faktury.