Zwrot kosztów podróży powinien być dokonywany w granicach określonych w przepisach rozporządzenia w sprawie należności przysługujących pracownikowi zatrudnionemu w państwowej lub samorządowej jednostce sfery budżetowej z tytułu podróży służbowej. Trzeba jednak pilnować limitów wypłat do celów estońskiego CIT. Należności z tytułu podróży służbowych, które wypłacane są w ramach obowiązujących limitów, będą kosztem spółki. Dla członka zarządu będzie to przychód bez PIT i składek społecznych. Do zapłaty będzie natomiast składka zdrowotna (ZUS i organy rządowe tak twierdzą, natomiast jest to wbrew przepisom ustawowym).
W przypadku estońskiego CIT podatek dochodowy płaci się m.in. od wypłat na rzecz udziałowców oraz od ukrytych zysków. Przez ukryte zyski rozumie się świadczenia pieniężne, niepieniężne, odpłatne, nieodpłatne lub częściowo odpłatne, wykonane w związku z prawem do udziału w zysku, inne niż podzielony zysk, których beneficjentem, bezpośrednio lub pośrednio, jest udziałowiec, akcjonariusz albo wspólnik lub podmiot powiązany bezpośrednio lub pośrednio z podatnikiem lub z tym udziałowcem, akcjonariuszem albo wspólnikiem.
Do ukrytych zysków nie zalicza się jednak m.in. wynagrodzeń ze stosunku pracy, umów cywilnoprawnych oraz zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego wypłaconych osobie fizycznej – w części, w jakiej suma tych wynagrodzeń i zasiłków wypłacona w danym miesiącu tej osobie nie przekracza pięciokrotności średniego miesięcznego wynagrodzenia wypłacanego przez podatnika ze stosunku pracy lub umów cywilnoprawnych, nie więcej jednak niż pięciokrotności przeciętnego miesięcznego wynagrodzenia w sektorze przedsiębiorstw, przy czym średnie miesięczne wynagrodzenie ustala się za miesiąc poprzedzający miesiąc dokonania wypłat osobie fizycznej. Jeżeli wypłaty będą mieściły się w tym zakresie, to nie będą podlegały opodatkowaniu ani w spółce, ani u członków zarządu. Jeżeli zarząd nie będzie rekrutował się z udziałowców i osób z nimi powiązanych, wysokość wypłat będzie bez znaczenia dla celów estońskiego CIT.
Jeżeli członek zarządu nie ma podstawy prawnej działania, to nie jest członkiem zarządu. W spółce z o.o. zarząd się powołuje (robi to zgromadzenie wspólników lub rada nadzorcza, a pierwszy zarząd często powołuje się w umowie spółki). Oznacza to, że jeżeli z zarządem nie została zawarta umowa (o pracę lub cywilnoprawna), to jest to powołanie. Dlatego też limit będzie miał zastosowanie. Jeżeli jednak jedyne świadczenia to należności z tytułu delegacji, wówczas jest to bez znaczenia, bo limit na pewno będzie zachowany.
Zwrot kosztów podróży będzie u członka zarządu wolny od PIT (w granicach obowiązujących limitów) i składek społecznych. Będzie natomiast podlegał składce zdrowotnej. Mimo że podstawą tej składki jest jedynie wynagrodzenie, to zarówno ZUS, jak i organy rządowe twierdzą, że jest to przychód w rozumieniu podatkowym, a tym samym należności z tytułu delegacji podlegają składkom zdrowotnym. Oczywiście można się z tym nie zgadzać i próbować dochodzić swoich racji przed sądem, ale na chwilę obecną dominuje pogląd, że składki zdrowotne należne są do zapłaty.
